「鮭の聖地エコミュージアム」のコア施設として、「鮭の聖地」の物語の全体像を紹介すると共に、⽣態から歴史、⾷⽂化ま で、鮭のすべてが分かる⽔族館です。
生態から歴史、食文化まで、鮭のすべてが分かる水族館です。 サケ科魚類展示種類数では国内最多となる世界の仲間18種30種類以上を展示。 標津川とつながる「魚道水槽」では、2～6月には稚魚の群泳、9～10月には遡上、 11月には産卵行動といった季節ごとの鮭の様子をガラス越しに観察できます。 体験・参加型プログラムも多く、中でも人気の「チョウザメの指パク体験」は ここならではの取り組みです。巨大イクラのオブジェが乗ったタワーが目印。

エピソード02「鮭の聖地一万年の源流　標津遺跡群」、05「クナシリ・メナシの戦い」、08「知られざる幕末会津藩北方警備の物語」をめぐるためのサテライト拠点であり、国指定史跡「伊茶仁（いちゃに）カリカリウス遺跡」、国指定天然記念物・ 標津湿原、開拓の村と歴史民俗資料館の3エリアで構成された北海道最大級の 野外博物館。入口にあるビジターセンター館内では、「標津番屋屏風」の レプリカやタブ山チャシを再現した町民手作りのジオラマなどを展示しています。 雄大な自然の中に竪穴住居跡が無数に残る遺跡の光景を見ると、 この地に暮らした人々の息吹を感じることができます。

エピソード04「根室海峡チャシ跡群」、06「歴史上最初の日露外交交渉　ラクスマン来航と高田屋事件」をめぐるためのサテライト拠点であり、ロシア初の遣日使節アダム・ラクスマンの根室来航に関する資料や、 樺太（サハリン）に置かれていた国境標石など、江戸から明治の 日ロ外交史に関する資料を展示しています。また、道指定有形文化財の土偶 （縄文時代後期）、オホーツク文化期の貴重な考古資料が並び、 シマフクロウやラッコの標本など地域の自然資料も豊富です。 建物は昭和17（1942）年、大湊海軍通信隊根室分遣所として建設されたもので、 太平洋戦争後は花咲港小学校の校舎としても利用されていました。

エピソード01「国後島渡海拠点の一つ野付半島」をめぐるサテライト拠点であり、日本最大の砂嘴・野付半島の自然や歴史に関する情報拠点です。 江戸時代に存在した野付通行屋の紹介パネルが2階にあり、 支配人を務めた加賀伝蔵に関する記述も。通行屋跡から出土した皿や茶碗は、 かつて国後島とその先の世界へつながる出入口だったことを物語っています。 別海町の「加賀家文書館」と併せて見学すると、野付の歴史が立体的に理解できます。

エピソード07「松浦武四郎がみた根室海峡沿岸」、09「世界に販路を拓いた缶詰と鮭鱒漁の盛衰」をめぐるサテライト拠点です。加賀家文書館では、加賀の国（石川県）出身で、5代にわたり蝦夷地の釧路・根室地方で働いた 加賀家の古文書資料を収蔵・展示しています。15歳で蝦夷地に渡ってから 50年以上通辞（アイヌ語通訳）として活躍し、松浦武四郎とも交流した 3代目・伝蔵（1804～74）に関する資料が中心で、彼の絵図や記録から 当時のアイヌの人々の暮らしぶりを知ることができます。野付通行屋と 漁場の一部をジオラマで再現したコーナーも目を引きます。「別海町郷土資料館」に隣接しています。

エピソード03「根室海峡のオホーツク文化」をめぐるサテライト拠点です。羅臼町内にあるオホーツク文化、トビニタイ文化の各遺跡から発掘された出土品などを通し、 先史時代から北方民族が行き交った町特有の歴史と文化を伝えています。 特に、国重要文化財・北海道松法（のり）川北岸遺跡から発掘された炭化した木製品の数々は、 海洋漁猟民族・オホーツク人の生活実態を知る貴重な手掛かりです。明治以降の開拓道具や写真、 動物の剥製、昆虫標本、羅臼ロケ映画「地の涯に生きるもの」など多様な資料も収蔵・展示しています。