昭和に入ると、手漕ぎの船で漁場へ行き、八尺網を手捲き機で引き上げるという従来の人力での漁にかわり、漁船と捲き揚げ装置の動力化が進んだ。これによってホタテの生産量は一気に増大したが、乱獲による天然資源の急速な減少を招き、昭和初期をピークに減少していった。
根室沿岸および近海でのホタテ資源の減少が著しくなった1933（昭和8）年、網走管内のサロマ湖で、天然ホタテ貝からの採苗が試みられる。ホタテの種苗を採取して稚貝を育て放流する、という人工栽培の可能性が実証され、1938（昭和13）年には3000万個を超える稚貝が網走管内の各漁場に放流された。根室管内では、1954（昭和29）年に標津町でサロマ湖からのホタテ稚貝の移殖放流を本格的に開始。根室市と別海町でも、昭和30～40年代にかけて稚貝の放流が始まり、資源の回復が進められた。
別海町では、1975（昭和50）年以降、全面的に禁漁としてホタテの資源保護に努めていたが、1977（昭和52）年にソ連（ロシア）の十二海里法が施行され、翌78年には二百海里漁業水域が設定されて、大幅に漁場が失われる事態に直面する。
そこで、資源保護と漁場の造成をより積極的に行う「大規模漁場保全事業」を展開。天敵のヒトデ駆除のほか、道南・噴火湾の有珠漁協や室蘭漁協からホタテ稚貝を購入し放流。また、操業船数や水揚げの管理体制を見直すなどし、現在まで生存率の向上や資源の保全に努めている。